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Gestión de ausencias y enfermedad en Paraguay: IPS y certificados médicos

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Equipo Avá·25 de enero de 2026·8 min

La gestión de ausencias por enfermedad es uno de los temas que más dudas genera en los equipos de RR.HH paraguayos: ¿cuándo paga el IPS? ¿Qué documentación exigir? ¿Qué registrar en el libro laboral? En este artículo respondemos todas esas preguntas.

¿Qué cubre el IPS en caso de enfermedad?

El IPS tiene una prestación llamada Subsidio por Enfermedad que cubre a los empleados afiliados cuando están imposibilitados de trabajar por enfermedad. Las condiciones son:

  • El empleado debe tener al menos 6 meses de aportes continuos antes de la enfermedad (con algunas excepciones para enfermedades graves)
  • La incapacidad debe ser certificada por un médico del IPS o por el médico tratante con validación del IPS
  • El subsidio comienza a partir del 4° día de enfermedad: los primeros 3 días los paga el empleador

¿Cuánto paga el IPS por subsidio de enfermedad?

El IPS paga el 75% del salario del mes anterior durante el período de incapacidad, hasta un máximo de 26 semanas (aproximadamente 6 meses). Si la enfermedad se extiende más allá, el caso pasa a evaluación de incapacidad permanente.

El 25% restante del salario no lo paga nadie (ni el IPS ni el empleador) durante el período de subsidio. Muchas empresas paraguayas, sin embargo, deciden completar el 100% del salario como política interna.

Qué debe hacer el empleador

Exigir el certificado médico desde el primer día

El empleador tiene derecho a solicitar certificado médico desde el primer día de ausencia. Para ausencias de 1 a 3 días, generalmente alcanza con un certificado de cualquier médico. Para ausencias más largas que impliquen subsidio del IPS, el certificado debe tramitarse por el sistema del IPS.

Denunciar la incapacidad al IPS

Cuando la ausencia supera los 3 días, el empleador debe denunciar la incapacidad al IPS a través del Sistema REI, indicando la fecha de inicio de la enfermedad. Este trámite activa el subsidio a favor del empleado.

Registrar la ausencia en el libro laboral

Toda ausencia por enfermedad debe quedar registrada en el Libro Laboral MTESS con: nombre del empleado, fechas de ausencia, motivo (enfermedad) y si cuenta con certificado médico. La ausencia no registrada puede usarse en contra del empleador en una inspección.

Manejo de ausencias injustificadas

Las ausencias sin justificación son una causal de descuento en el salario y pueden acumularse como causal de despido justificado. El Código del Trabajo establece que ausencias injustificadas por más de 3 días consecutivos pueden considerarse abandono de trabajo, liberando al empleador de pagar indemnización.

Pero ojo: el procedimiento debe estar correctamente documentado. Si despedís a alguien por abandono de trabajo y no tenés el registro de intentos de comunicación y las ausencias documentadas, el empleado puede ganar una demanda por despido injustificado.

Licencia por enfermedad de familiar a cargo

Paraguay no tiene una licencia legal específica pagada por enfermedad de familiar. Sin embargo, muchas empresas otorgan 1 o 2 días por enfermedad grave de hijo o cónyuge como política interna. Si lo ofrecés, documentalo en el contrato o reglamento interno para que quede claro que es un beneficio voluntario.

Cómo Avá gestiona las ausencias

En Avá, los empleados pueden registrar su ausencia desde la app y cargar el certificado médico digital. El supervisor recibe la notificación, aprueba la justificación y el sistema actualiza el libro laboral automáticamente. Si la ausencia supera 3 días, Avá genera el formulario para la denuncia al IPS. El saldo de ausencias justificadas e injustificadas está visible en tiempo real para el área de RR.HH.

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